Seit 1997 fungiert die Investitionsbank Schleswig-Holstein (IB.SH) als Verwaltungsbehörde (Managing Authority/MA) und Programmsekretariat (Joint Secretariat/JS) für die europäische territoriale Zusammenarbeit im Ostseeraum im Rahmen von Interreg. Die IB.SH ist verantwortlich für das ordnungsgemäße Programmmanagement und unterstützen sowohl die Projekt- als auch die Entscheidungsebene, den Begleitausschuss.
Dabei arbeitet die IB.SH eng mit den an der EU-Ostseestrategie beteiligten EU-Mitgliedsstaaten und der Europäischen Kommission zusammen.

In der Förderperiode 2021-2027 lauten die Förderschwerpunkte:
- Innovative Gesellschaften
- Intelligente Wassernutzung
- Klimaneutrale Gesellschaften
- Strategische Zusammenarbeit

Interreg Baltic Sea Region richtet sich vor allem an öffentliche Institutionen auf lokaler, regionaler und nationaler Ebene, Forschungs- und Bildungseinrichtungen, branchenbezogene Verbünde und Vereine sowie Nichtregierungsorganisationen (NGO). Es können aber auch private Unternehmen mit EU-Mitteln unterstützt werden. In den Projekten arbeiten mindestens drei Organisationen aus drei Ländern des Programmgebiets zusammen.